La ermita de la Virgen también se comenzó a reconstruir después de una gran inundación, una vez que las aguas y los fangos se retiraron. Situado en las cercanías del convento de Santo Domingo el Real, el eremitorio se ubicaba en un paraje conocido como soto del río, donde la tradición relataba que se había hallado una imagen de una Virgen niña. La Virgen Pequeña pasó a su actual denominación a raíz de otro luctuoso hecho acaecido en la Villa, como fue la terrible epidemia de peste de finales del siglo XVII.

Los alcantarilleros, diezmados por la enfermedad, vuelven sus ojos a su Patrona, a la que sacan en procesión y rogativa, obrándose el milagro y remitiendo el azote de la enfermedad. Desde ese momento, la Virgen pasa a denominarse de la Salud.

Desde allí muchos milagros físicos e espirituales han ido sucediendo  lo largo de estos siglos aumentando aso la devoción por la Virgen de la Salud.

En 1996, durante sus fiestas, la Patrona recibió la Medalla de Oro de Alcantarilla .